1、支原体和衣原体都是介于细菌和病毒之间的微生物，但是支原体和衣原体是两种不同的病原微生体，支原体比较小，衣原体相对比较大，主要是引起人体的泌尿生殖系统的感染。
2、衣原体还可以引起沙眼、肺炎、鹦鹉热等传染性疾病。这两种病原体可以同时存在于人体，感染人体的泌尿生殖系统，在医学上统称为非淋菌性尿道炎或者宫颈炎。这两种病原体可以同时存在，也可以单独存在，目前在临床上是把衣原体和支原体归为一类来讲的。
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